Действие первой части Half-Life происходило в удалённом подземном научно-исследовательском комплексе «Чёрная Меза». Эксперимент над так называемым «аномальным материалом» (с выходом Half-Life 2: Episode Two стало ясно происхождение этого материала) привёл к «каскадному резонансу», открывшему портал в параллельное измерение Зен, и открывшему дорогу враждебной инопланетной цивилизации, а также другим ордам населяющих его существ. Играя за Гордона Фримена, учёного, непосредственно принимавшего участие в исследовании, приведшем к этой катастрофе, игрок должен был выбраться из комплекса, проникнуть в параллельный мир Зен и уничтожить лидера враждебной инопланетной цивилизации — Нихиланта, для того, чтобы закрыть портальный пролом и остановить инопланетное вторжение. После чего Гордона принял на работу человек, известный как G-Man, и бывший учёный был помещён в стазис. Half-Life 2 продолжает историю примерно через пару десятилетий после инцидента в «Чёрной Мезе» уже в Сити 17 — одном из крупнейших городов на Земле, расположенном где-то в Восточной Европе или на территории бывшего СССР.